O IEPP foi fundado por iniciativa das psicólogas Inúbia do Prado Duarte e Maria Elizabeth Cimenti, docentes e supervisoras do extinto Núcleo de Estudos em Psicoterapia (NEP) — uma das instituições pioneiras no ensino e formação em psicoterapia de orientação psicanalítica em Porto Alegre.

Junto a colegas oriundas do NEP, convidadas e colaboradoras, as fundadoras elaboraram o currículo do curso, planejaram as atividades de ensino e científicas e oficializaram a criação da instituição em 10 de agosto de 1989. O evento de fundação ocorreu no anfiteatro do Hospital Santo Antônio, em Porto Alegre, com uma aula inaugural ministrada pela psicanalista argentina Aurora Perez.

Naquele período, a coordenação era exercida pelas fundadoras, e o corpo docente e de supervisores contava também com as psicólogas Heloisa Tonetto, Maria da Graça Kern Castro, Iane Álvarez, Vera Mello, Débora Gleiser, Ingeborg Bornholdt e Vera Ramirez. Atualmente, o IEPP possui 22 psicólogas e 10 docentes convidados em seu quadro de ensino.

Em março de 1990, teve início a primeira turma do Curso de Formação em Psicoterapia Psicanalítica do IEPP. Desde então, a instituição busca contribuir para a formação da identidade do psicoterapeuta, acompanhando esse processo e estimulando a participação criativa e constante de seus membros na construção de sua história.

O primeiro endereço do IEPP ficava na Rua 24 de Outubro, em uma pequena sala comercial no bairro Moinhos de Vento. Com o crescimento do grupo, a instituição mudou-se para uma sala maior no mesmo prédio. Logo depois, a necessidade de mais espaço (com salas de atendimento, seminários e um auditório) levou o IEPP a uma nova sede na Rua Pedro Chaves Barcellos, 780, no bairro Bela Vista.

O desenvolvimento da instituição e o aumento das atividades tornaram necessária mais uma mudança. Assim, em janeiro de 2000, o IEPP transferiu-se para a Avenida Bagé, 368, sede que passou por diversas reformas e melhorias ao longo dos anos.

Em 2001, foi inaugurada uma nova unidade em Bento Gonçalves, o IEPP Região Nordeste, localizando-se, na época, na Rua Cândido Costa, 24/1004. Em mudanças futuras, o IEPP Região Nordeste virou IEPP-Serra, tendo sua sede atual no Centro Profissional São Rafael, na rua Visconde de São Gabriel, 396, no bairro Cidade Alta em Bento Gonçalves.

A primeira gestão do IEPP contou com duas coordenadoras. A partir da segunda gestão, iniciada em 1992, adotou-se o modelo de coordenação e vice-coordenação, vigente até 2006. Atualmente, a administração é composta por um grupo gestor com três representantes: Diretora Executiva, Diretora Adjunta I e Diretora Adjunta II.

A estrutura organizacional também conta com um Conselho Fiscal e um Colegiado, além de sete departamentos que funcionam como pilares da instituição: Científico, Ensino, Administrativo, Clínica, Financeiro, Comunicação e Psicanálise Implicada. 

Ao longo da trajetória do IEPP, surgiram diversos grupos de trabalho, conhecidos como Comissões. Algumas existem desde a fundação, como a Comissão Sociocultural. Outras foram criadas conforme novas demandas e interesses, como a Comissão de Relações com a Comunidade, o Centro de Estudantes e a Memoteca (Memorial e Biblioteca).

Além dessas, há vários grupos voltados a atividades específicas de cada departamento, entre eles o Serviço de Triagem, Avaliação Psicológica, Atendimento Psicoterápico, Monitorias, Cursos Extracurriculares, Estágios, Espaço Clínico e Espaço Científico.